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学术期刊第1期不同技术在淋系肿瘤MR
信仰是一棵树,它深深地扎根于旌准这片土地,枝丫触及每一个旌准人的心里。无论白昼与黑夜,天籁与尘音,它静默地伫立在灵魂深处,既不卑微,也不倨傲。也许阳光带来绿荫,严寒造成凋蔽,但在困顿中孕育出的终究出的是那蓬勃的生机。
每一位旌准人怀揣信仰,笃步前行,足履实地,专注于血液肿瘤与移植领域前沿研究成果的转化,为血液肿瘤临床诊断与移植配型提供精准信息。前路漫漫,血液肿瘤与移植领域有着太多的问题亟需解决:如何提升肿瘤微残留检测灵敏度及检测后何时进行干预;淋系肿瘤的重排与正常淋巴细胞重排差异根源是什么;CLL恶变的分子机制是什么;AML突变频率较低,抗原靶标较少,免疫疗法的出路在哪里;造血干细胞移植前后免疫细胞,尤其是T/B细胞克隆的谱系变化是怎样的等等。这些问题需要研究人员、临床医生、产品开发人员从不同角度去研究阐明。我们希望在专注于产品开发的同时,以研究主题的形式定期归纳总结血液肿瘤与移植领域前沿进展,与大家共同分享、探讨。独木难成林,一人难为众;我们深知自己力量的薄弱与渺小,愿竭尽所能,与大家勠力同心,共克血液肿瘤与移植领域难题,以磨而不磷之信仰,为血液肿瘤与移植的版图再添一片绿荫。本期MRD主题总结
血液肿瘤治疗中,根据微小残留病灶(MRD)情况采取针对性的干预具有非常重要的作用。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和流式细胞术(FC)是目前监测MRD最常用的方法。
近年来,也有一些新的方法尝试用于MRD监测,比如等位基因特异性寡核苷酸定量PCR(ASO-PCR)、数字PCR(dPCR)、多参数流式细胞术(MFC)、二代测序(NGS)。然而,ASO-PCR由于操作过于繁琐,引物探针需要针对不同患者进行特异性设计,因此在临床应用中具有较大难度。dPCR在提升qPCR灵敏度中具有重要作用,由于缺乏统一的标准限制了在临床检测中独立应用。MFC针对不同血液肿瘤细胞表面多种免疫标志物进行标记,使得检测结果更为可靠。然而,由于抗体差异性、操作流程不统一等问题,MFC存在重复性差等问题。针对上述问题,欧洲流式工作组(EuroFlowgroup)已经完成MFC在ALL和MM的MRD检测标准流程和方法建立,CLL相关工作正在开展。B淋巴细胞分化过程中发生免疫球蛋白重链(IGH)重排,每一个淋巴细胞具有独一无二的IGH。因此,采用NGS技术检测IGH的重排判断MRD是非常好的选择。由于NGS能测出具体序列,因此在形态学、PCR等方法鉴别淋系肿瘤存在问题时,NGS是非常好的手段。EuroClonality-NGS工作组已开发了一套IG/TCR的检测流程,包括实验设计和生物信息分析方法,用于ALL患者MRD检测应用。那么,在PCR、(M)FC、NGS等多种手段存在的情况下,它们在MRD检测中的差异性如何?我们整理了PCR、(M)FC、NGS在淋系肿瘤MRD检测中比较性研究,总体而言,NGS灵敏度更高,对化疗、移植等预后评估更好。1
1MRDDetectionbyNGSinIgH-V(D)JMayPredictRelapseRiskBetterThanMultiparameterFlowCytometryinB-CellAcuteLymphoblasticLeukemia
Li-XinWu1,Ya-LanZhou1,Zi-LongWang1,Jin-LanLi1,Qiu-YuSun1,HaoJiang1,QianJiang1,BinJiang1,FengYe2,Ming-KunLiu2,Zhi-Fuwang2,LinZhang2,Lan-PingXu1,Xiao-HuiZhang1,Kai-YanLiu1,Xiao-JunHuang#1,3,4andGuo-RuiRuan#11PekingUniversityPeople’sHospital,PekingUniversityInstituteofHematology,NationalClinicalResearchCenterforHematologicDisease,BeijingKeyLaboratoryofHematopoieticStemCellTransplantation,Beijing,China2BeijingGenomePrecisionTechnologyCo.,Ltd,Beijing,China3Peking-TsinghuaCenterforLifeSciences,Beijing,China4ResearchUnitofKeyTechniqueforDiagnosisandTreatmentsofHematologicMalignancies,ChineseAcademyofMedicalSciencesB-ALL通过MFC检出MRD阳性[MFC-MRD(+)]是复发的危险因素。然而,许多MFC-MRD阴性患者仍然复发。因此,探索具有更高复发预测能力的、更灵敏的MRD检测技术具有重要意义。本研究采集了53名成人B-ALL患者在诊断时全部和经过2次巩固化疗后部分样本。巩固化疗2周期后MFC-MRD诊断阴性(34名)与阳性(19名)的3年无复发生存期(RFS)为10.5%vs33.6%(P=0.)。53名受试者中19名受试者[MFC-MRD(+)8名,其中7名复发;(-)11名,其中9名复发]在通过Sanger测序检测时诊断出IgH-V(D)J重排。通过NGS对这19名患者进行复检,MFC-MRD(+)组的7名复发受试者和MFC-MRD(-)组中的6名复发阳性受试者在NGS-MRD中被检测为阳性。MFC-MRD(+)组中仅有的1例未复发受试者和MFC-MRD(-)组中的2例未复发受试者均在NGS-MRD(-)组被检出。因此,NGS-MRD可以将假阴性率从MFC-MRD(-)组中的81.8%(N=9)显著降低到NGS-MRD(-)组中的50.0%(N=3)。RFS分析表明,与MFC-MRD相比,NGS-MRD更好地区分了两组复发风险情况。本研究表明,巩固化疗2周期后MFC-MRD检测会产生大量假阴性结果,深度下一代测序技术可以改善复发的预测能力,从而降低假阴性率,帮助医生精确地决定进一步干预措施。2
IdentifyingIGHdiseaseclonesforMRDmonitoringinchildhoodB-cellacutelymphoblasticleukemiausingRNA-Seq.
Leukemia.;doi:10./s---4.ZhenhuaLi,NanJiang,EvelynHuiziLim,WinnieHuiNiChin,YiLu,KeanHuiChiew,ShirleyKowYinKham,WentaoYang,ThuanChongQuah,HaiPengLin,AhMoyTan,HanyAriffin,JunJYang,AllenEng-JuhYeoh鉴定患者特异性的IGH/TCR序列是检测MRD的关键环节。传统一代测序方法耗时费力。B-ALL患者的IGH在转录水平具有较高的表达。ZhenhuaLi等使用RNA-seq方法从个儿童B-ALL患者样本中鉴定IGH克隆序列,用于检测MRD。基于齐夫定律可以从RNA-seq数据中鉴定出与疾病相关的IGH优势克隆序列。从90.3%的患者样本中鉴定出条克隆序列(平均2条/每个样本,0-7条/每个样本)。其中,超二倍体的样本有更多的克隆序列(平均3条/每个样本),DUX4亚型因为染色体异位干扰了IGH基因位点,导致克隆序列偏少(1条/每个样本)。通过一代测序鉴定,有90.8%的克隆序列可以在RNA-seq数据中找到。此外,RNA-seq还鉴定出条二代独有的克隆序列。在69个监测样本中,相比于非IGH靶向的RQ-PCR方法,高通量IGH靶向测序方法检测的MRD具有高相关性(R=0.93;P=1.3×10-14)和更准确的复发预测能力。因此,RNA-seq方法可以鉴定出患者特异性的IGH克隆序列用于MRD监测,从而增加了RNA-seq方法在儿童B-ALL分子诊断中的应用。3
Standardizednext-generationsequencingofimmunoglobulinandT-cellreceptorgenere